Trofej nacionalnog Kupa u vitrinama Naise završavao je četiri puta-2004, 2007, 2008. i 2009. godine.
Prvi put kada je tadašnji DIN stigao do pehara Kupa Srbije i Crne Gore, Niš je bio domaćin završnog turnira, 28. i 29. februara 2004. godine. Pobedu protiv podgoričke Budućnosti od 27:26 (18:12) pratila su zanimljiva dešavanja, budući da je u noći uoči finala dogovoren transfer prve vedete Nišlijki Ljiljane Knežević u redove podgoričkog kluba, pa je ona, tako, DIN uvela u finale, u kome nije nastupila, a rukometašice koje su došle u suprotnom smeru, Aida Selmanović i Dragana Laković, u polufinalu su nastupale za Budućnost, a već sutradan, u finalu, protiv Budućnosti. Ostalo je zabeleženo da je, baš na 35-godišnjicu od osnivanja kluba, uz šest golova Anje Andrušenko i pet Irine Kaliničenko, DIN stigao do prvog trofeja u svojoj istoriji.
Drugi pehar Kupa osvojen je 14. juna 2007. godine, pobedom nad beogradskom Lastom Radnički u Aleksandrovcu-25:14 (11:7). Rezultat sve govori. Iako emotivno ispražnjena nakon osvajanja i proslave evropskog trofeja u Čelendž kupu, ekipa Naise demonstrirala je snagu protiv talentovanih Beograđanki i revanširala im se za poraz i remi u toku tada tek okončanog prvenstva, zbog kojih je u najvećoj meri i ostala bez titule prvaka. Blistala je Irina Gončarova na golu, sa 23 odbrane i svega 14 primljenih golova, a najefikasnija je bila Jelena Popović (osam), u svojoj poslednjoj utakmici u dresu Naise.
Godinu dana kasnije, Naisa je u Pančevu kompletirala domaću „duplu krunu“, pehar Kupa pridodala jedinoj šampionskoj tituli u istoriji kluba. Finale je igrano 11. maja 2008. godine, kada je pokvareno unapred pripremljeno slavlje domaćeg Dinama. „Motor“ ekipe Irina Kaliničenko u 38. minutu dobila treće isključenje, a Nišlijke su ionako nastupale bez povređenih reprezentativki Biljane Filipović i Jovane Bartošić. Ipak, najmlađa u njenim redovima Ivana Filipović izrasla je u istinskog junaka, sa devet postignutih golova ponela titulu MVP-ja, za konačnu pobedu od 27:23.
Ono što 2009. godine nisu u prvenstvu, Nišlijke su uradile u Kupu, pa su relativno lako savladale Knjaz Miloš u finalu u Jagodini-35:26 (20:14). Ana Milačić sa osam i Jovana Bartošić sa sedam golova vodile su ekipu do trijumfa tog, 24. maja, uz novu briljantnu partiju Irine Gončarove na golu (17 odbrana). Bio je to oproštaj dve Irine, Gončarove i Kaliničenko, od dresa Naise, ujedno i najveći rez u timu do tada, pa je treći uzastopni pehar Kupa bio ujedno i poslednji trofej niškog kluba. Za sada...
FINALE 2004.
DIN-Budućnost 27:26 (18:12)
Niš, 29. februara. Hala Čair. Gledalaca: 3000. Sudije: Slobodan Višekruna (Bačka Palanka) i Zoran Stanojević (Novi Sad). Sedmerci: DIN 4(4), Budućnost 6(5). Isključenja: DIN 6, Budućnost 4 minuta.
DIN: Jovanović, Savković, Bojić 2, Čampa 2, Mićić 1, Mladenović 2, Đokić 1, Bartošić 3(1), Laković 2, Andrušenko 6, Bojadžijeva 1, Kaliničenko 5(3), Selmanović 1, Mišula 1.
BUDUĆNOST: Morozova, Rakočević, Paplacko, Maržec 2, Đurović 3, Dragutinović 3, Kolaković 3(1), Volkova, Vlahović, Vamoš 6(1), Damjanac 8(3), Mugoša, Miličković.
FINALE 2007.
NAISA-Lasta Radnički 25:14 (11:7)
Aleksandrovac, 14. juna. Hala SC „Župa“. Gledalaca: 800. Sudije: Slavoljub Veličković (Beograd) i Zoran Đuričić (Ralja). Sedmerci: Naisa 5(3), Lasta Radnički 3(1). Isključenja: Naisa 12, Lasta Radnički 6 minuta.
NAISA: Gončarova (23 odbrane, 1 sedmerac), Savković (2 odbrane), Čampa 1, Mićić 2, Filipović 2, Bartošić 4, Šibanova, Marija Stefanović 2, Kaliničenko 3, Milošević 1, Živadinović 1(1), Rogan 2, Popović 7(2), Ognjenović.
LASTA RADNIČKI: Tatalović (6 odbrana), Pantić (tri odbrane), Ugrčić (jedna odbrana), Goudiabi 2, Stanisavljević, Ćosić 1, Damnjanović 3, Grozdanić 1, Đorđević, Dimitrijević 1, Ćurčić 1, Kuridža 2(1), Tasić 3, Ćepić.
FINALE 2008.
Dinamo-NAISA 23:27
Pančevo, 11. maja. Hala „Strelište“. Gledalaca: 400. Sudije: Slavoljub Veličković i Zoran Đuričić (Beograd). Sedmerci: Dinamo 7(5), Naisa 7(5). Isključenja: Dinamo 8, Naisa 16 minuta.
DINAMO: Guteša (15 odbrana), Davidović (1 sedmerac), Pokrajac 7, Žiga 5, Pavlov 3(1), Damjanović, Vrbljanac, Samoila, Čubrić, Tamenov, Balać 2, Matijašević, Bogdan 1(1), Perušina 3(1).
NAISA: Jovanović, Savković (1 semerac), Gončarova (16 odbrana), Popović, Koperec 4, Vukajlović, Veljković, Damnjanović 7(2), Marija Stefanović 3, Kaliničenko 2, Milošević, I. Filipović 9, Rogan 2, Pop Lazić.
FINALE 2009.
NAISA-Knjaz Miloš 35:26 (20:14)
Jagodina, 24. maja. Hala: JASSA. Gledalaca: 500. Sudije: Branka Marić (Zrenjanin) i Zorica Mašić (Pančevo). Sedmerci: naisa 3(3), Knjaz Miloš 9(6). Isključenja: Naisa 12, Knjaz Miloš 8 minuta.
NAISA: Jovanović (2 odbrane, 1 sedmerac), Gončarova (17 odbrana, 2 sedmerca), Kuzmina 1, Turanjanin, Koperec 4, Tošković, Bartošić 7, Milačić 8(2), Stefanović 1, Kaliničenko 2, Milošević 3, Filipović 4(1), Rogan 4, Pop Lazić 1.
KNJAZ MILOŠ: Milojković (1 odbrana), Kačarević (7 odbrana), Vojčić 6, Petrović 9(5), Kuharović, Radoičić 5(1), Timotijević 3, Pavlović 2, Perović, Oljača, Ristanović, Mihailović 1.